京都市市民活動総合センター「運営委員会」は，センターの管理運営に当たって，利用者である市民，市民活動団体，企業のほか，学識経験者，管理運営主体及び事業に参加する団体，京都市により幅広く構成された組織で，ａ．管理運営方針の決定，ｂ．事業計画の決定，ｃ．各事業計画推進への参画，ｄ．管理運営主体及び事業に参加する団体に対して意見陳述を行います。
　なお，「運営委員会」は，指定管理者が設置しています。

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　京都市市民活動総合センター「評価委員会」とは，京都市市民活動総合センターの運営全般について，利用者の意見のモニタリング等を通じて，客観的な評価を行い，京都市及び京都市市民活動総合センター「運営協議会」に対して，その結果を報告するとともに，課題や改善点についての助言を行うために京都市が設置しています。

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